L'edificio fu costruito a partire dal 1758. Il nome con cui è comunemente conosciuta, "Foppone", deriva dalla sua primitiva funzione e dalla struttura atta alle sepolture.
Le grandi fosse che furono ricavate sotto il quadriportico e sotto la chiesa stessa erano chiamate nell'antico dialetto lombardo 'foppe': così, il nome foppone sta per 'grande fossa'.
In questo complesso si trova l'unico esempio cittadino di chiostro che si innesta direttamente sulla facciata della chiesa: la facciata della chiesa è uno dei lati del chiostro.
L'edificio sacro è giunto a noi senza grandi trasformazioni o aggiunte.
La particolarità che la caratterizza è di essere stata progettata non solo come chiesa, ma soprattutto come cimitero per coloro che morivano nel vicino vecchio Ospedale Maggiore.
Nel 1972 la Diocesi di Cremona divenne proprietaria della chiesa quando, dopo la costruzione decentrata del nuovo nosocomio cittadino, S.Facio venne a perdere la sua funzione di 'chiesa dell'ospedale'.
Ospitò qualche anno il movimento 'Comunione e Liberazione', poi cadde in disuso