Fin dal V secolo la zona su cui sorge la chiesa odierna, era zona cimiteriale sorta poco fuori le mura e sviluppatosi intorno ad una cappella dedicata al Santo. Nel XII secolo la chiesa è denominata San Vittore de strata in quanto era collocata su una delle strade d’ingresso alla città. La chiesa primitiva doveva essere a tre navate, absidata a oriente con una ricca decorazione ad affresco (alcuni stralci si possono ancora intravvedere oggi nei due archi che emergono dalla pavimentazione nella prima sacrestia). Per motivi ancora ignoti l’edificio fu probabilmente distrutto e ricostruito tra il XIII e il XIV secolo, assumendo così la forma ad aula unica. Fu parrocchia fino al 1579, quando il suo territorio venne unito sotto quella della parrocchia di San Salvatore, e la chiesa fu concessa in gestione alla Confraternita dei disciplini della Beata Vergine Maria; sotto il titolo di San Vittore. Importanti restauri furono eseguiti nel 1998 ad opera dell’ Archivio di Stato che voleva destinare questi spazi ad archivio delle confraternite. Purtroppo il progetto non fu terminato e la Diocesi riacquisì questa chiesa per poterle ridare vita con nuovi progetti.