Il MuSa è ospitato negli spazi della chiesa di Santa Giustina: fondato nel 1587 su impulso del conte Sebastiano Paride di Lodrone e del cappuccino Mattia Bellintani, il complesso fu sede fino al 1773 del collegio dei padri Somaschi.
Con la soppressione veneziana della comunità somasca (1774), il complesso continuò ad essere uno spazio per la formazione, ospitando il collegio civico e le scuole tecniche fino agli anni recenti.
Infine, dopo un periodo di abbandono, l’Amministrazione comunale di Salò ha dimostrato di comprendere appieno questa potenzialità, ristrutturando l’antico edificio di Santa Giustina nel 2005-2009.