L’Orto Botanico è un’istituzione municipale fondata nel 1972. Fa parte del sistema dei Musei civici del Comune di Bergamo, Assessorato Cultura e Turismo.
E’ membro della Società Botanica Italiana e del BGCI – Botanic Garden Conservation International, e parte della Rete degli Orti Botanici della Lombardia dal 2002, associazione che ha come scopo la tutela, la conoscenza, la promozione e la valorizzazione del patrimonio culturale vegetale degli Orti Botanici lombardi.