Un tempo feudo della famiglia Pallavicino, il suo nome, così come quello della regione in provincia di Rovigo, deriva da "pollicino", "depositi di melma che emergono dalle acque fluviali in forma di isole", a sua volta derivato dal latino pullus, pollone. Una seconda ipotesi fa invece risalire l'origine del toponimo alla lingua etrusca e più precisamente al gentilizio femminile Puleisnai, il cui significato sembra peraltro coincidere con quello assunto attualmente dall'antroponimo.
Polesine fu comune autonomo della bassa parmense fino al 1º gennaio 2016, quando si è unito con Zibello andando a formare il comune di Polesine Zibello.